涉外税务审计的管辖按征管范围的不同，可分为独立审计和联合审计两种。独立审计是指国税机关和地税机关在各自的辖区内按所辖税种实施的税务审计。联合审计是指国税机关和地税机关各自系统内的跨区域税务审计和国、地税就共管户的相关项目共同实施的税务审计。
      （一）独立审计的管辖
       省以下各级国家税务局、地方税务局涉外税收管理部门分别负责所管辖税种的涉外税务审计工作。审计中发现有属于对方管辖范围的问题，应当及时通报对方查处；双方在同一税收问题上有不同意见时，先按照负责此项税收的税务机关的意见执行，然后呈报负责此项税收的上级税务机关裁定，以裁定的最终意见为准。涉及发票的案件按法定的征管范围由案发地税务机关负责；税法另有规定的，按税法规定执行。

国税、地税各自系统内查处的审计案件如果涉及两个或两个以上税务机关管辖的，由最先查处的税务机关负责；管辖权发生争议的，有关税务机关应当本着有利于查处的原则协商确定查处权；协商不能取得一致意见的，由共同的上一级税务机关协调或者裁定后实施。在日常检查、审计环节中，发现避税问题的，应按国家税务总局《涉外税务审计规程》的要求，将涉及的反避税工作底稿及有关资料移交国际税收管理部门实施专项调查；发现外商投资企业和外国企业与其关联企业之间的业务往来不按照独立企业业务往来收取或支付价款、费用，需要调查核实的，应移交上级税务机关国际税收管理部门处理。

（二）联合审计的管辖

联合税务审计一般分为跨区域联合税务审计和国地税联合税务审计两种。

1、跨区域联合税务审计

此类税务审计主要是各主管税务机关针对跨区域经营并实行汇总（合并）缴纳企业所得税的涉外企业实施的税务审计。

跨省（含自治区、直辖市和计划单列市）经营涉外企业的税务审计，由国家税务总局组织实施；跨地（市）经营涉外企业的税务审计，由省级（含计划单列市）税务机关组织实施；跨县（市）经营涉外企业的税务审计，由地（市）级税务机关组织实施。

跨区域联合税务审计中凡遇有涉及非本税务机关主管税种问题的，应告知其主管税务机关，并在必要时联合进行相关税务审计。审计结束后，由涉外企业汇总缴纳税款所在地主管税务机关负责汇总编制有关的审计文书，送达被审计企业，办理税款退补、滞纳金及罚款入库事宜。

2、国地税联合税务审计

此类税务审计主要是负责税收征管的国、地税机关针对在同一地区经营的涉外企业联合展开的税务审计。

对于企业所得税和其主体业务适用的流转税均由同一税务机关主管的涉外企业，由该主管税务机关提出审计计划并告知企业其他适用税种的主管税务机关后，组织相关主管税务机关开展税务审计；对于企业所得税和其主体业务适用的流转税由国、地两个税务机关分别主管的涉外企业，由主管国税机关和地税机关共同提出税务审计计划，联合实施税务审计。审计中被审计企业的国、地税机关应加强沟通，共同研究审计结论和审计报告，凡涉及相同的涉税指标，口径和数据应保持一致。

审计结束后，涉外企业主管国、地税机关分别编制有关的税务审计文书，送达企业办理补退、滞纳金和罚款入库事宜。

在联合税务审计中，对同一涉外企业的联合审计一个纳税年度内不得超过一次。